2000年后：“远华案”和“慕马案”等窝案集中爆发  “远华走私案”则是该时期政商勾结的腐败样本。该案涉及石油、汽车、房地产、文体娱乐等众多暴利行业，案件主角赖昌星在政界死党的帮助下潜逃加拿大，直到2012年才引渡回国。其身后利益关系网中的高官悉数落马，包括当时的公安部副部长李纪周、厦门市三位副市长海关总署总、参情报部常务副部长、中共元老姬鹏飞独子姬胜德、总参情报部五局上校副局长，刘华清之女刘朝英、总政治部军官，刘华清儿媳郑莉……

2001年10月10日，沈阳“慕马案”宣判，原沈阳市长慕绥新被判死缓、原沈阳常务副市长马向东被判死刑，该案另有多达14人涉案，均分别被判刑。“慕马案”主角之一慕绥新仅在沈阳任职的4年中，就有100多人以各种名义给他送钱送物多达600余万。

    此外，在第三代领导集体中，时任总理朱镕基在严惩腐败则威慑了众多官员。1998年，朱镕基在中央一次反腐败会议上，铿锵有力的发言让人感到振聋发聩：在反腐败问题上，中央是有决心的。这个问题不解决，中国无法长治久安。反腐败就是要先打老虎后打狼，对老虎决不故息手软；我这里准备了100口棺材，99口留给贪官，一口留给我自己！

    朱镕基义无反顾，斩钉截铁的决心和大刀阔斧的行动，使腐败分子无处藏身，硕鼠巨贪一一现了原形。1998年6月原中国交通银行副行长鲁家善、原河北省委书记、省人大常委会主任，中央委员程维高、原国家电力公司党组书记，前吉林省省长、云南省委书记高严及原神华公司副董事长，前湖北省副省长李大强相继因腐败落网。而随着党和国家越来越重视预防腐败工作，专门的预防腐败机构也相应建立，2000年8月，最高人民检察院成立了职务犯罪预防厅。